一、根源
农产品抵扣变化较大：由于农产品抵扣政策比较特殊，取得发票有收购发票、销售发票、3%征收率的专用发票、9%税率的专用发票等，且有可以按票面抵扣或者按照9%计算抵扣等，原有综服平台除9%专用发票和海关缴款书可以直接勾选进入申报表，其他情况均手工采集录入附表二第6行。
税务数字账户电票平台上线后，通过电票平台开具的收购发票、销售发票及一般纳税人处取得的9%的专用发票可以直接抵扣勾选。在“抵扣勾选—发票”模块里查询即可选到。而对于一些特殊发票，无法直接从票面识别需要抵扣的税额，故要先进行一些预处理，确认可抵扣的税额后在“抵扣勾选—发票”模块进行勾选。
二、具体操作
1.税务机关代开的农产品发票
如取得的为税务机关代开的农产品发票。在“抵扣勾选—发票”下方，点击“代开农产品发票录入”点击“添加行”，纳税人只需要输入发票代码、发票号码即可。系统自动带出发票相关信息后，纳税人根据实际情况，填写农产品部分金额、农产品部分税额。允许纳税人根据票面金额、9%扣除率，自主填报有效抵扣税额。提交成功后相关发票信息就进入 “抵扣勾选—发票”模块，可对该发票进行勾选操作。
2.税控系统开具的自产农产品
如取得的为税控系统开具的自产农产品增值税普通发票需要在“待处理农产品发票—自产农产品销售发票”模块进行预处理。纳税人可以根据实际情况选择。
提交后该发票在“抵扣勾选—发票”模块可以进行勾选抵扣。
3.取得从小规模纳税人处取得的按照简易计税方法依照3%征收率缴纳增值税的农产品增值税专用发票
如取得从小规模纳税人处取得的按照简易计税方法依照3%征收率缴纳增值税的农产品增值税专用发票在“待处理农产品发票—从小规模处购进的3%农产品专票”进行预处理，系统会提示可以按照9%抵扣的适用情形。具体操作同自产农产品销售发票类似，提交成功后可以“抵扣勾选—发票”模块可以进行勾选抵扣。
三、总结
取得农产品发票可以按照以下步骤进行处理：
第一步如有需要待处理的销售发票或小规模处取得的专用发票进入“抵扣勾选”后系统会自动提示，按照“待处理农产品发票”预处理操作即可；
第二步如取得的发票上有“代开”字样则为税务机关代开发票，在“抵扣勾选—发票”进行“代开农产品发票录入”后勾选；
第三步直接在“抵扣勾选—发票”和“抵扣勾选——海关缴款书”模块中进行查询勾选。
四、加计扣除勾选
农产品类的发票完成抵扣勾选后，根据需要进行农产品深加工企业符合条件情况下还可以进行加计扣除勾选，选择农产品发票是否用于增值税加计扣除。被税务局端维护过的企业账户登录税务数字账户模块得下图界面，“农产品加计扣除勾选”模块出现。
选择“是否用于增值税加计扣除”，并填写“本次加计扣除税额”，“提交成功”即完成操作。目前暂时可以和以前保持一致，直接计算后填写在申报表附表二8a栏。
完成“抵扣勾选”中“发票、海关缴款书、代扣代缴完税凭证”的相关操作及勾选和“农产品加计扣除勾选”后，点击“统计确认”，进入发票统计确认界面，进行发票勾选汇总操作，确认完毕后相关数据进入申报表相应栏次，统计确认可以撤销统计，但单日最多只能进行10次撤销统计，谨慎操作。
来源：苏州工业园区税务局、小陈税务08
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